Die beim Bau der Jesus-Christus-Kirche erwarteten 9.000 Gemeindeglieder allein in Buchholz wurden nie erreicht. Seit Anfang der 1970er Jahre sank die Zahl der Evangelischen in ganz Duisburg kontinuierlich. Im Jahr 2020 gab es in den Stadtteilen Buchholz, Wedau und Bissingheim zusammen nur noch knapp 6.000 Evangelische – zwei Drittel von dem, was beim Bau der Jesus-Christus-Kirche zugrunde gelegt wurde. Der Gebäudebestand wurde allen Duisburger Gemeinden zu groß. Die Gemeinden standen vor der schwierigen und schmerzhaften Aufgabe, das wieder abzubauen, was Jahrzehnte zuvor mühsam aufgebaut worden war. Im Dezember 2001 musste der Standort Bissingheim aufgegeben werden, die dortige Pfarrstelle konnte nicht wieder besetzt werden. Am 31.12.2002 fand im Gemeindehaus „Arche“ am Altenbrucher Damm der letzte Gottesdienst statt. Das Gemeindehaus wurde geschlossen und 2006 zusammen mit dem Pfarrhaus abgerissen. Im Gemeindezentrum Arlberger Straße an der Jesus-Christus-Kirche konzentrierte sich nun das Buchholzer Gemeindeleben.
Nachdem Wedau-Bissingheim eine Gemeinde mit einer Einzelpfarrstelle geworden war, lud die Kirchengemeinde die alten Gemeinden der „Muttergemeinde“ Wanheim-Angerhausen zu einem Gespräch über eine mögliche Gemeindefusion ein. Zunächst waren noch Großenbaum-Rahm und Wanheim beteiligt, am Ende blieben Buchholz und Wedau-Bissingheim übrig.
Durch Fusion dieser beiden Gemeinden entstand im März 2004 die Evangelische Kirchengemeinde Trinitatis. Dem Namen der Kirchengemeinde entsprechend, der an den dreieinigen Gott erinnert, hat das neue Presbyterium nach der Fusion ihre Leitsätze trinitarisch formuliert:
„Die Evangelische Kirchengemeinde Trinitatis ist ein Teil der weltweiten Christenheit.
In ihr wird die Liebe des Gottes Israels verkündigt, die der ganzen Schöpfung gilt.
In ihr erfahren Menschen durch Jesus Christus Geborgenheit.
In ihr brechen Menschen in der Kraft des Heiligen Geistes auf.“
An diesen Leitsätzen orientiert hat das Presbyterium im Jahr 2007 die erste umfassende Gemeindekonzeption vorgelegt, die das gesamte Gemeindeleben darstellt, reflektiert und die Ziele der Arbeit benennt. Inzwischen wird die Konzeption regelmäßig aktualisiert, die jeweils aktuelle Fassung ist auf der Webseite der Gemeinde einsehbar.
Während in den ersten Jahren der Fusion die ehemaligen Gemeinden noch weitgehend unabhängig voneinander und parallel arbeiteten und existierten, kam es im Jahr 2018 zu einer Neuorganisation des Gemeindelebens und einer weitreichenden Neuausrichtung der Arbeit. Aus zwei Bereichen wurde endlich eine Gemeinde, die nun so aufgestellt ist, dass Synergieeffekte genutzt werden können. Auf diese Weise ließ sich der Wegfall einer halben Pfarrstelle im Jahr 2019 auffangen und eine weitere Reduzierung der pfarramtlichen Aufgaben vorbereiten, ohne dass es zu spürbaren Einschnitten im Gemeindeleben kommt.
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